生物医药学院由制药工程系、生物工程系、生物医药研究院组建而成，拥有制药工程二级学科博士点，制药工程学术型硕士学位授予权及生物医学工程、化学工程、生物与医药专业硕士学位授予权，化学工程与技术一级学科博士后流动站。现有博士生导师9人，校内硕士生导师32人，其中包括2位国家高层次人才、2名广东省领军人才和多位海归资深教授，校外兼职硕士生导师86人。

学院拥有总值超过1亿的高端仪器设备，与国外知名研发机构共建2个实验室（广东工业大学-罗格斯大学艾伦·康尼抗肿瘤药物研究实验室、广东工业大学-利物浦大学药物研发联合实验室）。具备高水平研发平台及项目，如广东省药食同源工程中心、“珠江人才计划”创新创业团队等。建有1个省级研究生联合培养示范基地（广东东阳光药业有限公司）以及2个校级研究生联合培养示范基地（广东一方制药有限公司、广州华津医药科技有限公司），与企业及科研机构共同设立人才培养平台5个（广州玻思韬控释药业有限公司、东莞波顿香料有限公司、广东省医疗器械研究所、军事科学院军事医学研究院、广州分析测试中心），充分发挥“产、学、研、用”四方积极性。与广东省第二人民医院、广州市番禺区中心医院联合培养研究生，创新人才培养模式；与国外知名研发机构共建实验室，如与美国罗格斯大学共建艾伦·康尼抗肿瘤药物研究实验室、与英国利物浦大学共建广东工业大学-利物浦药物研发联合实验室，逐步形成了医工融合、多学科交叉、国际化培养三大特色。

目前，生物医药学院已在天然活性成分的高值化开发利用、生物化工（包括基因工程药物、抗体药物、生物催化与生物转化、生物环保）、制药工程（药物设计、药物机理与药效学评价、药物分析、新型药物制剂）、医用检测试剂以及化妆品原料安全评价与化妆品配方与新技术研究等领域构建了独具特色的研究方向，形成了长期稳定的科研团队。学院现有硕士和博士研究生合计256人。